四神丸主要的功效是温补脾肾、涩肠止泻，可以用来治疗脾肾虚寒所引起的五更泄泻、不思饮食，或久泻不愈，伴有腹痛、腰酸肢冷、神疲乏力、舌淡苔白、脉沉迟或沉细者，四神丸由补骨脂、肉豆蔻、吴茱萸、五味子、生姜、大枣等药物组成，之所以取名四神，是因方中补骨脂、肉豆蔻、吴茱萸、五味子四味药功效神速，故取之为四神。
五更是黎明之前，此时正是阴气盛极，阳气萌发之际，肾阳虚衰者，阳气当至而不至，阴气极而下行，所以发生泄泻，肾阳虚者脾亦不暖，运化失健，所以不思饮食，久泻不愈的原因有寒有热，但是伴有腹痛、腰酸、肢冷，所以是为寒证。四神丸中补骨脂善补命门之火，补火生土；肉豆蔻温中收涩，止泻；吴茱萸温脾肾，散寒湿；五味子则可以温涩收敛，以上药物配合在一起可以起到肾温脾暖作用，大肠固而运化复，自然五更泄泻停止，诸症皆愈。