女性三个月月经没有按时来，主要原因如下：
1、怀孕：可以用验孕试纸检测，去医院抽血查HCG以及超声检查，看宫腔内是否有妊娠囊。
2、疾病因素：如果排除了妊娠的情况，可能存在内分泌紊乱的情况，需要去医院进行性激素的检查，来排除内分泌紊乱的情况，同时还需要进行B超的检查。临床上比较常见导致月经不能按时来潮的内分泌相关疾病，就是多囊卵巢综合征。多囊卵巢综合征的患者比较常见的症状就是闭经，月经长时间的不来，并且有一些其它的体征，比如多毛、痤疮，这些体征也有助于诊断。