重组酵母乙型肝炎疫苗和重组CHO乙型肝炎疫苗都是基因工程疫苗，两种疫苗的制作工艺不同，但接种效果是相同的，都可以安全使用。
利用酵母细胞生产的疫苗称为重组的酵母疫苗，利用哺乳动物细胞基因产生的疫苗称为重组CHO疫苗。临床实验结果表明乙肝疫苗的CHO与酵母疫苗，对于新生儿免疫和乙肝母婴阻断均有较好的效果，并无明显的差异，对新生儿的安全也都很好。并有研究显示由于机体对疫苗的应答情况与疫苗的抗原结构有关，对酵母疫苗反应低的或者是无应答者换用高剂量的乙肝疫苗CHO可以提高免疫成功率。
基因工程疫苗重组疫苗是采用基因工程的重组技术，把乙肝病毒表面抗原的基因片段通过基因工程剪切下来，然后插入到菌和酵母菌细胞或哺乳动物细胞的基因中，与摄入细胞内的基因进行重组，让重组后的酵母或CHO细胞在体外培养过程中自身增值的同时产生乙肝表面抗原的基因片段，将其收集并提纯之后制成的乙肝疫苗，国际上称为第二代疫苗。