大部分肠炎都是由于病原微生物作用所致，特别是细菌、病毒以及其他病原微生物，甚至包括寄生虫都可以引起肠炎。除了感染性疾病以外，也有非感染性肠炎，比较多见的是由于全身病所导致的，特别是风湿免疫病造成肠道的炎症损害，肠道血运不好也可以造成肠炎。
很多人有腹痛或者腹泻等肠炎症状，但是没有做过检查，如果症状比较重且持续时间比较长，可以到医院去做肠镜检查看是否真正存在肠道炎症。
另外，很多人有类似症状，但并不是肠道有炎症，而是肠道运动感觉功能出现异常，临床叫功能性腹泻，或者临床还有一个功能性疾病的名字叫肠易激综合征。