卵巢巧克力囊肿是指异位的内膜在卵巢皮质内生长，形成单个或多个囊肿，称为卵巢子宫内膜异位囊肿。囊肿表面呈灰蓝色，大小不一，直径多在5cm左右，大致10-20cm。
典型的情况下，陈旧性的血液聚集在囊内，形成咖啡色黏稠液体，似巧克力样，俗称卵巢巧克力囊肿。
因囊肿周期性出血，囊内压力增大，囊易反复的破裂，破裂后囊内容物刺激腹膜发生局部炎性反应和组织纤维化，导致卵巢与邻近的器官组织紧密粘连，造成囊肿固定不活动，手术时囊壁极易破裂。
这种粘连是卵巢子宫异位囊肿的临床特征之一，可借此与其他出血性卵巢囊肿相鉴别。