月经两个星期没有干净，首先需要排除早孕，在发生先兆流产或者是宫外孕时，可以表现为阴道流血时间长，可以做尿试纸检查或者是采血化验HCG。
如果排除早孕，出现阴道流血时间长，可能是器质性的原因，也可能存在功能性的原因，比如生殖器官肿瘤、感染、血液系统疾病、肝肾功能异常、甲状腺疾病等原因都可能引起，在排除了器质性原因以后，则可以诊断为功能失调性子宫出血，多数是由于无排卵导致的。
如果是急性大量的出血可以行刮宫术，否则可以考虑中医中药治疗，此病相当于中医的崩漏，中医止血的效果是确定的，需要强调的是止血之后调整月经周期是更重要的，以免症状反复发生。