肠镜是一种有创的检查，任何有创的检查都有一定的风险，所以肠镜的检查有适应症也有禁忌症，对于有一些病人来说做肠镜的风险要大于益处，医生就不会建议做肠镜，比方说年老体弱的病人、心脑血管基础不好，在做肠镜的过程中会导致血流动力学的改变，可能会出现心脑血管的并发症，比方说脑出血脑、梗死、心绞痛、心肌梗死、心脏衰竭等等。
还有一些病人是因为无法承受肠镜之前导泻的过程，比方说肠道的梗阻，包括不全梗阻和完全性梗阻，在这种情况下如果患者喝大量的泻药进去的话，会加重肠梗阻甚至导致肠腔的穿孔。
再有就是一些精神障碍的患者无法配合肠镜的检查，因为做肠镜有一定痛苦，意识有障碍的患者不能配合肠镜的检查，在检查的过程中如果出现各种烦躁会导致肠腔的穿孔这些并发症的发生。
因此，要仔细的甄别肠镜检查的适应症和禁忌症。