植物神经功能紊乱是功能性的疾病，临床上有好几个科室都可以治疗植物神经功能紊乱，可以根据自身的具体情况选择不同的科室就诊，具体如下：
第一、心理科，植物神经功能紊乱的病人常常有情绪的波动，比如容易焦虑、抑郁、紧张等等，可以挂心理科，医生除了处方一些调节植物神经功能紊乱的药物之外，还会给予一些心理方面的疏导，从根本上去除引起神经紊乱的原因。
第二、神经内科，有些医院没有心理科也可以挂神经内科，植物神经功能紊乱的病人常常会有一些躯体的不舒服，比如头疼、头晕、浑身疼等等，也可以在神经内科进行治疗。
第三、中医科，中医科的医生会根据病人的具体情况进行辨证论治，综合调理，往往能够取得很好的效果。
第四、妇科，有些女性的植物神经功能紊乱与更年期有关，所以也可以在妇科进行治疗。