HPV病毒感染初期，一般没有明显临床症状，随着时间延长，感染部位会出现病毒性红疹或者病毒性疣等，有的没有临床症状，有的会出现瘙痒症状。
特别是生殖器感染HPV病毒后，外阴和阴道局部会出现形状和大小不同的赘生物，比如尖锐湿疣等，病人就会出现白带增多、外阴和阴道瘙痒等。
女性生殖器感染HPV病毒后，外阴局部皮肤还有可能会出现病毒性疣，形状各不相同，有的像鸡冠状，有的像菜花状，正常情况不会有特殊症状，有的会出现局部瘙痒症状，需要就诊皮肤科医生，配合医生采用激光等方法对症治疗。
某些女性阴道感染HPV病毒后，容易出现宫颈炎引起白带增多，长期存在有逐渐发展为宫颈癌的可能性，所以建议每年行宫颈防癌检查。