藿香正气胶囊具有解表化湿，理气和中的作用，故而在应用本药的时候应该注意辨证。如果除了腹胀、恶心、呕吐的症状之外，还有发热、鼻干、口干、咳嗽等风热感冒的症状，则应选用风热感冒的药物，而不应该继续应用藿香正气胶囊。
另外，应用藿香正气胶囊的同时，不可以再服用具有滋补性的中药，比方说人参、黄芪、党参、太子参等。或者是具有滋养作用的中成药，比如人参健脾丸、归脾丸、六味地黄丸等。
藿香正气胶囊的有效成分当中，没有标注含有酒精成分，但是仍不推荐联合应用抗生素，尤其是头孢类的抗生素。如果是藿香正气口服液，则禁止与头孢类的抗生素联合应用。