室间隔缺损手术目前有两种方式：一种是室间隔修补术，一种是借助微创手术。室间隔缺损修补术，术后的并发症包括有残余分流，如果残余分流量比较小，随着时间的进展可以逐渐缩小，最后消失。当残余分流量比较大的时候，往往需要二次开胸手术。另外一个并发症是术后的心律失常，主要的心律失常包括三度房室传导阻滞，一般发生三度房室传导阻滞的时候，往往需要植入永久的起搏器。
而介入封堵手术的并发症，因为要穿刺血管，会导致血管的损伤，出现血管撕裂、血肿形成或者术后血栓。介入手术术后也可以出现心律失常，往往因为封堵器植入当时可能会导致房室传导阻滞，或者局部的心肌组织有水肿，出现快速性的心律失常。术后短期也有的存在少量的残余分流。严重的并发症包括封堵器的脱落，导致重新进行介入手术。