卵巢囊肿手术后有可能会影响怀孕，主要取决于卵巢囊肿的性质与手术医生的技术。常见的卵巢巧克力囊肿，由于囊壁与卵巢组织分界往往不清楚，在剥除卵巢巧克力囊肿时，不可避免的会伴随正常卵巢组织丢失。所以，巧克力囊肿手术后可能会影响卵巢功能，进而可能会影响怀孕。
但从另外一个方面讲，巧克力囊肿本身也影响怀孕。因为有可能会影响卵巢排卵、盆腔环境，以及输卵管拾卵功能。所以，对于巧克力囊肿合并不孕的女性，手术是绕不过去的方法，该手术还是要手术。在手术中，医生会仔细操作，尽量减少正常卵巢组织的丢失，同时非常仔细的对卵巢创面进行止血，既要很好的把血止住，又要尽量减少各种手术操作对卵巢功能损害。综上所述，卵巢手术后影响怀孕与否，取决于卵巢囊肿的性质与医生的技术。