脑血栓的预防从三个方面入手，如针对危险因素的预防、进行抗血小板和抗动脉粥样硬化进行二级预防、针对颅内外大血管的狭窄进行血管内治疗来预防，具体见于以下方面：
第一、针对脑血栓的危险因素，如高血压、糖尿病、高脂血症、高同型半胱氨酸血症、肥胖、吸烟、饮酒、缺少体育锻炼等危险因素，采取降压、降糖、降脂、减轻体重、降低同型半胱氨酸、减少吸烟饮酒、针对房颤进行抗凝治疗等方式来控制危险因素，达到预防脑血栓的作用。
第二、长期应用抗血小板药物，比如氯吡格雷、阿司匹林、替格瑞洛、西洛他唑等等，以及应用抗动脉粥样硬化的他汀类药物。
第三、需要针对颅内大血管的狭窄，应用支架治疗或搭桥治疗来改善脑血液的循环，以及针对颈动脉或椎动脉以及锁骨下动脉的狭窄，而应用的支架成形术和颈动脉内膜剥脱术等方式，来改善颅外段血管的血流，来达到预防脑血栓的作用。