黄芩的主要功效是清热燥湿、泻火解毒、止血安胎，黄芩是苦寒药，入肺经、胆经、脾经，以及大肠经和小肠经。有清热燥湿、泻火解毒、止血安胎的作用，用于湿温，以及暑湿引发的胸闷、恶心、呕吐病症。
它也用于湿热引发的胃肠道的满、不消化，也用于解痢、黄疸。同时可以清肺热，治疗肺热的咳嗽、咳吐黄痰，以及高热，出现的烦渴、烦躁、口渴这样的现象。有凉血的功能，可以治疗血热，出现的出血，比如吐血、鼻子出血、呕血等血证。黄芩可以治疗各种的痈疮肿毒，黄芩有安胎的作用，治疗胎动不安。