结膜炎干眼症的危害主要表现在眼表部位，患者眼部不舒适出现干涩、痒，严重的出现干燥、烧灼感、畏光以及视力减退等，因为眼表炎症刺激以及泪液分泌减少，结膜、角膜失去光泽，使表面变得粗糙。
结膜可以出现充血，角膜出现干燥、角化，上皮呈点片、状剥脱形成丝状角膜炎，严重的角膜混浊，视力严重受损，同时因为结膜囊内泪液中的免疫蛋白、黏蛋白含量减少，容易导致眼睛局部结膜炎、角膜炎加重，在穹隆部位可以有细小的束状睑球粘连等。