酵素减肥的危害主要有以下几点：
第一、自己做的水果酵素含糖量偏高，一般都是将糖和水果以一定的比例混合，发酵形成了简易版本的水果酵素。对于血糖偏高的人极为不利，如果吃的多了，很有可能会诱发各种疾病。
第二、做的酵素不能保证健康，在整体制作过程中大量的微生物会在其中繁殖，其他的病菌也是同样，对于健康存在一定隐患。
第三、易过敏，有的人本身属于敏感体质，服用酵素后可能会出现出汗、拉肚子等过敏反应。
目前酵素减肥还没有得到科学的认可，其中含有的化学成分可能会阻碍人体吸收营养物质，长久也不利于健康。