植物神经紊乱的诊断需要排除器质性疾病，通过心脏、消化、泌尿系统检查，还有脑检查，排除器质性问题，临床表现有失眠、头痛、头胀、脑鸣等症状，还会出现脾气暴躁、神经衰弱以及消化系统、泌尿系统、中枢神经系统、心脏系统的临床表现。
通过各种检查，没有产生器质性的结果，有强迫症状、焦虑症状、恐惧症状和疑病症状等，但没有找到器质性原因，同时持续时间在2-3个月以上就可以诊断为植物神经功能紊乱。