扁桃体结石可以采用以下几种方法来清理：
一、用耵聍钩直接钩取出扁桃体结石；
二、用扁桃体割治刀把扁桃体隐窝口浅浅的划破，然后暴露扁桃体结石使结石脱落；
三、如果扁桃体结石经常反复出现，建议行扁桃体切除手术，因为扁桃体有8-20个不等的隐窝，一些食物残渣以及细菌病毒的残体，在隐窝里边形成结晶，这种结晶也叫扁桃体结石，扁桃体切除手术是扁桃体结石的彻底根治方法。