针对扁平疣目前没有特效治疗药物，口服西药多选用抗病毒药物及提高免疫力药物。疣体较多或较大，情况比较严重的，可选用异维A酸类药物，如异维A酸软胶囊，抗病毒药物，如阿昔洛韦片、泛昔洛韦片、病毒灵、板蓝根颗粒，提高免疫力药物，如胸腺肽肠溶片、匹多莫德分散片、左旋咪唑。比较严重的也可做自体疣埋疣治疗，通过自身接种产生免疫性抗体。
疣体比较少的可以不用口服药物，局部外用药物或物理、激光治疗即可。患者平时需要规律作息，保持良好心态，适当锻炼，提高自身免疫力。患者如果出现扁平疣，应该及时就诊，医生会根据病情选用药物及治疗方法，自身不要盲目服用药物。