肠易激综合征是一种良性疾病，虽然可以反复发作甚至持续终生，但约有半数的患者经过适当的治疗后逐渐好转甚至痊愈。
一般来说，以便秘为主、病史比较短、症状诱因明显的患者治疗效果较好，女性患者和有心理障碍的患者以及过于积极求医的患者症状容易持续存在。
有研究报告约有80%的患者在五年内没有症状，只要注意生活和饮食调理、保持良好心态，就预期寿命来看，肠预激综合征的预后是很好的大部分患者是可以被治愈的。