肠结核是全身性结核的一部分，因此，肠结核患者早期多表现为发热、盗汗、乏力、消瘦、食欲减退等全身症状。腹部症状则因病变类型有所不同，具体如下：
一、腹痛：多为右下腹疼痛，少数脐周或全腹痛，疼痛性质为钝痛或隐痛，进食后加剧，排便后缓解。
二、排便习惯改变：便秘多见于增生性肠结核患者，溃疡性肠结核患者的表现以腹泻为主，腹泻排便次数增加，粪便呈糊状，多无脓血且不伴有里急后重，患者常见腹泻和便秘交替。
三、腹部肿块：肿块位于右下腹且有压痛，多见于增生性肠结核，当溃疡性肠结核合并有局限性腹膜炎、病变肠管与组织粘连时，也会出现腹部包块。
四、其他胃肠道症状：多数患者还伴有胃肠道症状，如恶心，呕吐等。
肠结核的预后取决于早诊断、早治疗，病变早期及时治疗后可痊愈，一般预后良好，若伴有严重并发症者，一般预后较差。