巧克力囊肿手术之后要尽早下床活动，因为是在全麻下进行的手术，所以通常在术后的第一天，应尽早的下床活动，防止粘连的发生。
卵巢巧克力囊肿存在着周期性出血，囊内的压力增大，囊壁易反复破裂，破裂后囊内容物刺激腹膜，发生局部炎性反应和组织纤维化，导致卵巢与邻近的器官、组织紧密粘连，造成囊肿固定、不活动，手术时囊壁极易破裂。
粘连是卵巢子宫内膜异位囊肿的临床特征之一，所以卵巢巧克力囊肿与周围的组织是很容易发生粘连的，在手术的时候会分离这种粘连。在术后尽早的活动，防止粘连再发生。同时卵巢巧克力囊肿极易复发，需在手术后用药来抑制复发。