自身免疫性脑炎总体预后良好，部分患者病情稳定后好转，但是有少部分的患者可以复发，抗NMDA受体抗体脑炎患者复发率为12%-31%，可以单次发作，也可以多次复发。
复发的间隔平均时间是五个月，复发时的病情通常相对较轻，而重症抗NMDA受体脑炎，病死率为2.9%-9.5%，而抗LGI1抗体相关脑炎患者的病死率达到6%。所以总体来说自身免疫性脑炎预后相对良好，有一定的复发率，病死率6%左右，通过积极的早期治疗和后期的康复训练可以保存认知功能和改善症状。