病毒性腹泻和细菌性腹泻都称为感染性腹泻，病毒性腹泻主要有轮状病毒，还有旅行者腹泻等，细菌性腹泻比较常见的有大肠杆菌、霍乱弧菌、沙门氏菌等。二者从症状上没有特别的区别，都可以是群体发病，在进食不洁饮食以后发生，夏秋季比较多见。细菌性腹泻以夏季更多，而病毒性腹泻可能以秋季气候比较干燥的时候更多。
二者重要的区别是要通过血液的检查，细菌性腹泻和病毒性腹泻都有白细胞的增多。但细菌性腹泻以中性粒细胞增多为主，病毒性腹泻以淋巴细胞增多为主。细菌性腹泻还会有C反应蛋白和降钙素原的增高，有别于病毒性腹泻，也是临床鉴别的重要要点。二者的治疗方面，细菌性腹泻需要用抗感染的药物来治疗才能够有效缓解，而病毒性腹泻有自限性，通过对症支持治疗就能够在5-7天自行缓解，但是二者都应该要注意防止肠道的传染。