体外碎石严重的并发症有许多种，最严重的是肾脏破裂，主要是因为结石特别硬，碎石能量过大，频率过多引起的。还有周围脏器损伤，如肾及周围组织损伤。碎石过程中由于石头过多积聚于输尿管内可引起石街，导致病人腰痛或不适，有时可合并继发感染等。
感染性的结石病人由于结石内细菌播散而引起尿路感染、菌血症，往往引起发热，严重患者甚至可以形成感染性休克的表现，出现意识障碍、血压减低等。