治疗胃食管反流病的药物，包括促胃肠动力药、抑酸药和抗酸药，促胃肠动力药如多潘立酮、莫沙必利、伊托必利等。
药物可能通过增加食管下段括约肌压力，改善食管蠕动功能，促进胃排空，达到减少胃内容物食管反流及减少其在食管的暴露时间。
抑酸药可以有效降低损伤因素的作用，是目前治疗本病的主要措施，对初次接受治疗的患者或有食管炎的患者，应以质子泵抑制剂治疗，以求迅速控制症状，治愈食管炎。
质子泵抑制剂抑酸作用强，包括奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑等药物，适用于症状重有严重食管炎的患者，抗酸药如铝碳酸镁，仅用于症状轻，间歇发作的患者，作为临时缓解症状。