关于治疗脑血栓的药物，在脑血栓的急性期，如果发病时间不超过4.5小时，可以采用静脉溶栓的方法。静脉溶栓是目前治疗急性脑梗塞最有效的方法，可以明显减轻病人的残疾程度，常用的药物是rt-PA。如果错过了静脉溶栓的时间，其他的综合治疗也非常的重要，比如抗血小板聚集治疗，常用的药物就是阿司匹林和氯吡格雷，有的时候为了防止病情进一步发展还要采取双重抗血小板治疗的方法。还要进行强化降脂治疗，这个也非常重要，常用的药物是他汀类降脂药，能够减轻病人的复发程度。
假如病人稳定以后还要启动降血压的治疗，要把血压维持在比较合适的水平，常用的降压药包括钙离子拮抗剂以及沙坦类降压药，在稳定之后还要进行康复的治疗。在脑血栓的治疗药物中，抗血小板聚集的药物、抗血脂的药物和抗血压的药物是最主要的三个药，叫做三大基石。后期的治疗也就是恢复期和后遗症期的治疗，也要继续抗聚、抗脂和抗压，目的是预防脑血栓再次复发。其他还有改善头晕的药物，比如倍他司汀以及中成药，具有活血化瘀作用的药物，比如银杏叶片等等，都可以作为一种辅助治疗的手段使用。