面肌痉挛手术的后遗症主要是导致面神经和其它周边相邻神经的损伤，出现一些相应的症状。面肌痉挛主要是面神经的手术，面神经受到损伤之后会出现面肌瘫痪，这一侧的面部原来是自发性痉挛样的动作，转而不能动，出现面瘫，这是面肌痉挛面神经损伤的后遗症。
它可能还会损伤位听神经，位听神经和面神经相邻的非常近，如果在手术过程中出现位听神经的损伤，可以造成同侧的耳朵听力下降，也有可能会出现眩晕的症状，这两种情况往往是面肌痉挛的后遗症。