类百日咳和百日咳主要的区别有两点，如下：
1、导致百日咳的致病菌是百日咳杆菌，但是导致类百日咳的致病菌不是百日咳杆菌，很可能是各种腺病毒，如1、2、3、5型的腺病毒，包括呼吸道的合胞病毒，还可能是其它的病原菌。
2、由于病原菌不一样，治疗的方法可以完全不一样。导致百日咳是百日咳杆菌，治疗主要是选择大环内酯类的抗生素。类百日咳主要是病毒感染所导致，因此进行抗病毒治疗，酌情抗感染治疗，是临床首选的治疗。除此以外，两者都可能需要用糖皮质激素，来控制百日咳和百日咳杆菌导致的各种炎症反应。
类百日咳和百日咳临床症状十分相似，都是痉挛性咳嗽，甚至可以导致颜面部、眼睑的浮肿，还有球结膜的出血、呕吐等，严重的都可以导致呼吸衰竭，甚至可以危及患者的生命。