直肠息肉属于大肠息肉的一种，可以参考大肠息肉的治疗方法。大肠增生性息肉和炎性息肉，因为有癌变的潜能，可以观察随访或者择期内镜下切除，多数息肉体积较小通过内镜下活检钳除。较大的息肉以及组织学证实有异形性者，为了避免引起息肉癌变，发现以后可在内镜下切除。常用的方法有息肉切除、圈套电凝摘除或者黏膜剥离切除术。
多发半球状小息肉可用高频电凝灼除法或者热活检钳处理，但因不能留取组织标本以供病理学检查，不提倡应用。激光气化法、微波透热法及内镜下氩气刀治疗，主要适用于已经明确息肉性质的病变。直肠息肉由于位置偏低，如果操作方便可以用肛窥镜或者直视下把息肉切除或者套扎切除。一般来说直肠息肉都是良性病变，可以选择择期治疗，如果伴有出血、出血量较大、怀疑恶变的息肉则要尽快进行切除治疗。