藿香正气水虽然可以治疗拉肚子，但是并不是对所有拉肚子都有治疗效果。藿香正气水是一种常见的中成药物，主要的作用就是理气和中、解表化湿，对于外感风寒、内伤湿滞引起的疾病具有一定调整作用。有一部分人拉肚子是因为肠胃感冒导致的，肠胃感冒的出现与外感风寒、内伤湿滞有直接的关系，因此在治疗时可以使用藿香正气水进行治疗。
部分人出现拉肚子是因为消化不良导致的，而藿香正气水具有促进肠胃功能恢复的作用，能够帮助胃内食物消化，在消化不良改善后腹泻症状就可以得到调节。但是有不少人出现拉肚子是因为细菌感染导致的，这些人使用藿香正气水治疗效果不佳，而应当选择抗生素药物治疗，比如左氧氟沙星、肠炎宁、黄连素等。