睾丸萎缩主要病因是生理性衰退、发育异常、感染、外伤等，好发于老年男性及有睾丸疾病者，长期饮酒也有可能诱发睾丸萎缩。
一、主要病因
1、生理衰退：是睾丸萎缩的常见病因，男性随年龄的增长，可以促进睾丸的发育和成熟的雄激素分泌不足，由于雄激素的缺乏会导致睾丸功能下降以及睾丸缩小。
2、发育异常：部分患者出生睾丸就是一大一小，差别很大，属于先天性发育异常。人体胚胎发育过程中发生异常会造成睾丸下降不全或隐睾，也会使患侧睾丸发育不全，从而造成一侧或双侧睾丸过小。
3、感染：青春期以后，如果患有腮腺炎很容易并发睾丸炎，使睾丸肿大、疼痛，腮腺炎病毒可以破坏睾丸内曲细精管上皮细胞，使睾丸丧失生精的功能，最终引起睾丸萎缩。正常人因睾丸血运正常，且有血睾屏障，对感染有较强的抵抗力，故出现睾丸萎缩的比例不高，泌尿系感染患者在早期炎症控制后，由于纤维化及曲细精管的损害可引起睾丸萎缩。
4、附睾炎：附睾炎使睾丸血运障碍是造成睾丸萎缩的主要原因。由于供应睾丸的血管经过精索，附睾炎使睾丸增粗变厚，其外膜顺应性差，压迫供应睾丸的动静脉，造成睾丸缺血甚至坏死，而由于患处神经也相应受损，丧失了对局部代谢的调节作用，导致患处实质细胞体积变小，数量减少，引起睾丸萎缩。
5、损伤：睾丸如果受到外力的损伤，可造成睾丸出血或梗阻，造成睾丸血液供应不足，导致萎缩，严重者可致睾丸丧失功能。
6、手术：腹股疝修补术可能会致睾丸损伤，手术中可能会伤及精索血管，造成睾丸缺血萎缩。
7、精索静脉曲张：精索静脉血流淤滞，阴囊温度比常人高，严重者也可致睾丸萎缩。
二、诱发因素
由于长期饮酒，导致体内激素水平失去平衡，容易导致睾丸损伤而患病。