扁桃体结石一般不会自愈，患者有扁桃体结石，建议挂耳鼻咽喉头颈外科。治疗的流程为：首先患者张口，医生用压舌板压住舌前三分之二，如果可以看到表面的扁桃体结石，就可以用镊子或者吸引器吸出，如果结石长在扁桃体的内部，就要进行扁桃体切除手术。
扁桃体结石由于扁桃体隐窝口长期阻塞，分泌物引流受阻，不易溶解的盐类，如钙、镁的磷酸盐或者碳酸盐沉积，时间长了就会形成结石。由于扁桃体结石的存在，患者自己感到有口臭或者怪味。
如果患者出现以上症状建议经常漱口，保持口腔清洁，并就诊。