婴儿胃食管反流要进行饮食治疗和药物治疗，一是饮食治疗主要选用稠厚的婴儿饮食，少量多次的喂养，能够降低胃食管反流的发生。二是药物治疗，选择胃肠促动力剂、抑酸剂和黏膜保护剂，胃肠促动力剂的药物常包括胃复安，此药小婴儿要慎用，因为它有机体外周系统的副作用。吗丁啉可以选择，还有西沙必利，有抑制反流、加速排空的作用，但也有相应的副作用，要在医生的指导下进行用药。
第二种是抑酸剂，能减少反流食物对食管黏膜的刺激，治疗以及预防反流性食管炎的重要措施，选择有西咪替丁，这个一般饭前10-30分钟以及睡前服用，雷尼替丁在饭前服用。
第三种是黏膜保护剂，保护黏膜免受盐酸、胆盐和胰蛋白酶的侵袭，常用的是硫糖铝，能与糜烂溃疡面上带正电核的蛋白结合形成带电荷屏障，阻止黏膜被侵袭与消化。
第四种如果经过保守治疗效果仍然不见好，很严重的、有严重的并发症，要根据情况，如食管狭窄以及神经系统障碍的胃食管反流，应该考虑手术治疗。这些都是一些方法的介绍，但是选择哪一种方法要在医生的指导下来选择。