禽流感患者前期一般表现为流感样的症状，如发热、咳嗽、少痰，可伴有头痛、肌肉酸痛、腹泻等全身不适症状。随后大多数患者有出现肺炎的表现，重症患者病情进展迅速，多在发病5-7天出现重症肺炎，体温大多持续在39℃以上，可出现呼吸困难，伴有咳血痰，并常常快速进展为急性呼吸窘迫综合征、感染性休克甚至多器官功能障碍，严重者可死亡。
不同类型的禽流感预后也有所差别，感染H7N9禽流感的患者预后差，大约有57%的患者会发展为急性呼吸窘迫综合征，病死率可高达40%，影响预后的因素包括年龄＞60岁，有基础疾病，如肺气肿、肺间质纤维化、糖尿病等，存在肥胖免疫抑制状态、肿瘤、妊娠等临床情况，以及是否及时地应用抗病毒治疗等。