治疗卵巢囊肿的药物要按照良恶性来进行处理，如果是良性卵巢囊肿，不需要进行药物治疗，则需要进行手术治疗，手术将囊肿的囊壁剔除能达到治疗效果。而如果是恶性卵巢囊肿，需要手术及放、化疗，还有靶向治疗等。
恶性卵巢囊肿的药物常见的是各种化疗药物，如顺铂、卡铂、紫杉醇、环磷酰胺等，而目前临床上采用靶向药物治疗作为一种辅助手段，延长患者的生存期，减少肿物复发。常见的靶向治疗药物，如奥拉帕利、贝伐珠单抗等。