微创手术进行清除或者调节内分泌是双侧乳腺多发性囊肿的主要治疗方法，乳腺多发性囊肿是一种女性的多发性疾病，与内分泌紊乱、精神因素有关。患有乳腺多发性囊肿的患者，肿块可能在乳房的多个地方出现，常见的治疗方法是通过微创手术，将肿块通过手术切割完全清理干净。
另外，调解内分泌也是一种治疗方法，乳腺多发性囊肿本身发病原因就是内分泌失调，也就是女性血液中的雌激素、孕激素，还有促性腺激素在一个月经周期中水平升高、降低不协调，其刺激乳腺组织增生，产生结节。因此，及时调节内分泌，通过进食的控制或者中医药的调理可以将激素水平恢复正常，减少肿块的增生。