羊水穿刺会引起轻微的疼痛，但这种疼痛感不明显，大概在Ⅱ-Ⅲ级，多数孕妇可以耐受。
羊水穿刺是孕期产前诊断的重要方法，通过使用穿刺针依次穿过腹壁、宫壁、进入羊膜腔以内提取羊水进行相关检测。穿刺疼痛的感觉主要来源于穿刺腹壁所造成，而穿刺宫壁以及羊膜腔不会引起疼痛，因为内脏痛觉神经分布并不敏感，所以疼痛感比较弱。在做羊水穿刺的时候一般不建议进行麻醉，因为疼痛感很快会消失，而如果进行麻醉，麻醉药品有可能会对胎儿造成影响。
羊水穿刺是一个有创的检查，术后应避免剧烈运动，注意休息，如有腹痛、发烧、阴道出血应该及时检查。建议孕妇要严格按照孕检时间到医院做检查，一旦发现异常要积极配合医生做检查。