扁桃体炎常与以下疾病相鉴别：
1、咽白喉，患者一般咽痛比较轻微，检查可见咽部表面有灰白色假膜，范围较大，假膜比较坚韧，擦拭后容易出血，可伴有颈部淋巴结的肿大，还有精神萎靡、低热、面色苍白、脉搏微弱等全身症状，咽部涂片可见白喉杆菌。
2、樊尚咽峡炎，患者一般单侧咽痛，可见扁桃体表面覆盖灰白色的假膜，擦拭后可见假膜下方有溃疡性改变，伴有单侧的淋巴结肿大，全身症状比较轻微，咽部涂片检查可见梭形杆菌或者樊尚螺旋体。
3、白血病性咽峡炎，一般没有明确的咽痛，早期检查可见一侧扁桃体浸润、肿大、表面坏死、附有灰白色的假膜伴有黏膜的溃疡性改变，可伴有颈部淋巴结的肿大，急性期可出现体温升高、全身出血等症状，化验检查可见血液中白细胞增多，以原始白细胞和幼稚白细胞为主。