生理期同房有可能会导致月经不调，但主要不是导致月经不调，月经不调往往指的是几个维度的异常，包括月经周期异常、月经持续时间异常以及月经量异常等。以上几个异常往往是最常见的引起生殖激素、内分泌激素紊乱的原因。如果生理期同房导致了慢性盆腔炎、慢性子宫内膜炎等，反过来也可能会引起不规则出血，导致月经不调。
生理期同房，最直接的影响是可能会导致生殖道逆行性感染，阴道有正常的常住菌，在生理期同房时，宫颈处于开放的状态，常住菌就可能会随着性行为连同外部的细菌一同进入到宫腔，而血液又是细菌很好的培养基，就有可能导致宫腔的感染。宫腔跟输卵管相通，输卵管和盆腔相通，所以生理期同房最可怕的就是导致宫腔，甚至盆腔的感染，因此，从生理卫生角度来说，不推荐生理期同房。