急性扁桃体炎是炎症感染性疾病，可以是病毒感染或细菌感染，两者混合感染的也存在。因为正常情况，咽部及扁桃体隐窝内存有某些病原体，当人体受凉、过度劳累、烟酒过度等身体抵抗力下降时，病原体会大量繁殖，分泌的毒素会破坏隐窝的上皮侵入到扁桃体实质内，从而发生炎症感染。慢性扁桃体炎，大多数情况下是由于急性扁桃体炎反复发作引起的，也可能继发于某些疾病，比如猩红热、白喉、流感、鼻腔及鼻窦感染。目前，也有一些说法认为慢性扁桃体炎和自身过敏反应有关系。