森林脑炎的潜伏期在10-15天左右，常见的临床症状包括发热、头痛、呕吐、意识障碍、瘫痪、颅神经瘫痪、脑膜刺激征等等，具体如下：
一、森林脑炎会出现发热，在38℃以上，大多持续5-10天左右，以稽留热最为常见，有时也会出现双峰热或者弛张热，偶会出现出血性的皮疹，部分患者会出现心肌炎的症状。
二、神经系统的症状，以头痛、呕吐比较常见，还会出现不同程度的意识障碍，比如嗜睡、昏睡、谵妄甚至深昏迷等等情况。也会出现烦躁不安、癫痫以及瘫痪的表现，脑膜刺激征常为阳性，瘫痪常发生于颈部、肩胛肌和上肢肌肉为主，因此病人会出现抬头困难，还会出现偏瘫或下肢瘫痪，颅神经瘫痪并不多见。发生在颈部或肩胛部，可以出现本病特有的头部下垂症状，瘫痪在2-3周后逐渐恢复，有时还会出现肌肉萎缩，病程长短不一，在一周左右，体温恢复正常后症状逐渐消失，但瘫痪仍可能会继续存在。