脑干出血在脑出血中的死亡率以及致残率都是最高的，出血量往往不多，仅几毫升或者十毫升左右就可以引起患者意识、心率、呼吸的改变。
发病早期即可观察到患者双侧瞳孔针尖样的改变，一般脑内出血在30分钟内停止出血，血肿保持相对稳定。
临床神经功能缺损仅在出血后30-90分钟内进展，在发病的3-5天后受损脑组织附近会出现脑水肿，患者也多在3-5天出现病情的明显恶化。
脑干出血的患者，往往会因脑干出血而导致其出现呼吸、循环功能的衰竭，所以脑干出血的病人危险期较其他出血病人更长，往往在出血后的20天以内都有随时突然发生心跳、呼吸停止的危险。