脐炎首选的抗生素一般为青霉素类或一代、四代头孢类抗生素，由于脐炎的致病菌一般为金黄色葡萄球菌其次是大肠埃希菌、铜绿假单胞菌以及溶血性链球菌，所以在应用抗生素时一般以对以上几种细菌敏感的抗生素为主。
最科学的应用方法应该是取炎症表面的分泌物进行细菌培养以及药敏试验，来确定抗生素的种类。但由于细菌培养需要一段时间，所以在急性发作时可以凭经验先运用广谱类抗生素治疗。
另外，脐炎的外部换药也非常重要，可以应用过氧化氢及碘伏对创面进行有效的消毒，也可以外敷金黄膏、红霉素软膏以及克林霉素凝胶等外用药物来治疗。