肛周囊肿一般有保守治疗和手术治疗两种治疗方法。保守治疗方法一般是针对囊肿较轻者，自己先观察不用做特殊的治疗。
可以采用高锰酸钾洗剂进行消炎消肿，每天温水坐浴半个小时，配合使用左氧氟沙星片进行消炎治疗。同时个人的肛门周围卫生一定要注意清洁，保持干爽。
如果感觉肛门的囊肿出现增大、肛门感觉往下坠、排大便的时候很困难伴有出血、疼痛的现象，就要去进行手术切除的方法治疗，进行囊肿引流术。
手术后需要格外注意伤口卫生，以免出现由于肛囊肿引发的肛瘘形成，要及时检查肛门创口观察有没有感染和组织坏死，及时清理直至康复。