婴儿点头痉挛初期需要尽快查明原因，能给予针对病因的治疗，可以起到快速终止发作和让疾病不再进一步的发展。一般婴儿点头痉挛的病因有原发性因素所造成，与基因突变、染色体异常有关系。还有继发性的因素，婴儿出生时出现大脑缺血或缺氧、新生儿黄疸，都会造成大脑的损伤，而出现婴儿点头痉挛的症状。
婴儿点头痉挛大部分病人预后相对较差，所以要通过早期的明确诊断积极治疗，去除继发的因素和给予针对原发因素的治疗，来控制或者改善婴儿点头痉挛，避免发展成难治性癫痫，导致大脑的智能发育异常。