根管治疗后牙有可能还会疼，在治疗过程中如果没有完全去净牙髓组织，细菌有可能在管腔中发生再次感染，导致残髓炎的发生，引起疼痛。
有些牙齿的根管系统比较复杂，存在多条侧枝根管或明显弯曲的根管，容易导致遗漏根管或者根充不完全，需要重新进行根管预备后再使用热凝牙胶充填，有时必须进行根尖切除手术。
在严重弯曲的根管中有可能形成穿孔，穿孔部位较小时可以及时修补，较大的穿孔无法修补，必须进行分根手术或者直接拔除。