一般来说，多是由于各种原因引起的甲状腺机能破坏，所引起的亚临床甲减。临床上最常见的引起亚临床甲减的病因就是自身免疫，自身免疫性甲状腺的问题引起亚临床甲减，比如TPO抗体、TG抗体升高，因为它们是破坏性抗体，所以导致了患者的甲状腺功能被毁一部分，出现亚临床甲减的相关表现，这是其中的一种情况。
还有一种情况，患者TPO抗体和TG抗体并没有升高，现在推测有可能是曾经一度升高过，破坏了之后现在又恢复正常，但是患者的甲状腺已经被毁了一部分。另外，其他的放射性因素，还有手术的因素，也都可以引起亚临床甲减。