输卵管堵塞主要是由各种病原体所导致的，像手术损伤以后，造成黏膜、子宫内膜异位症，或者先天性的发育异常，都可以导致输卵管堵塞，病原体感染可以造成输卵管黏膜的损伤，引起炎症反应，破坏了输卵管黏膜，造成粘连，造成输卵管堵塞。常见的有外源性的病原体，像淋病奈瑟菌，沙眼衣原体、支原体感染，内源性的病原菌，像吸氧菌及厌氧菌，或者吸氧菌和厌氧菌同时感染。感染的途径主要是经过生殖道的黏膜上行蔓延，病原体可以通过外阴进入阴道、子宫，一直到达输卵管，造成感染、输卵管堵塞，或者内源性的病原体，像盆腔结核可以造成输卵管的结核、堵塞。
另外，在非妊娠期，即平时造成的感染，可以经过淋巴系统蔓延，外阴炎、阴道炎、宫颈炎也可以造成感染，另外，创伤经过淋巴管的结缔组织，可以造成输卵管的粘连。产后主要是感染，流产后也可以造成感染，或者放置节育器以后引起的感染，还有经过血液传播的病原体，如其他部分直接蔓延，比如阑尾炎，阑尾炎发生以后，可以造成输卵管粘连。所以，盆腔手术、子宫内膜异位症、输卵管黏膜息肉都可以造成输卵管的堵塞。