体温39℃烧两天是否严重，主要取决于引起发热的病因是什么，不同的病因会有不同的临床表现。有些孩子引起发热39℃可能是急性症状，比方脑炎或者严重感染，可能多烧两天就可能要造成孩子病情进一步加重。当然也有一些疾病，虽然多烧了两天，但是孩子的病情一般状态很好，有可能是自限性的状态，可能随着孩子的体温下降逐渐病情也得到缓解。所以发烧是否能够造成孩子严重的损伤，并不取决于发烧本身，而是取决于引起发热的病因是什么，以及孩子自身的身体状态。
有些孩子本身就是具有热性惊厥的可能，如果持续性的多烧两天，有可能就会增加孩子出现热性惊厥的可能性。如果孩子是身体比较好或者年龄比较大，是单纯的普通病毒感染，孩子如果多烧两天，通过物理降温孩子能够有自限的倾向，就不太要紧，可能孩子在2-3天之后疾病就会完全缓解，是属于自限的状态。所以对于孩子在39℃发烧两天以上会不会有问题，主要取决于引起发热的病因是什么，有些可能会只能让病情加重，像细菌感染，如果不能够早期控制感染，只能随着发热进一步让病情加重，孩子可能会出现更严重的情况。还有些孩子可能就是单纯的病毒，所以对于39℃多烧两天是不是有问题，完全取决于引起发热的病因是什么，以及孩子自身的身体状态。